首先地溫要在5～35℃內施用，低于5℃菌種無法發酵繁殖，高于35℃菌種會被燒死。有機菌肥盡量單獨施用，不能和大化肥(氮、磷、鉀)混和施用。果農為圖方便常和大化肥一起施用，在兩棵樹中間挖二十厘米深、寬25厘米的溝，先把菌肥撒入溝內，再撒大化肥然后填土，這和混施并沒有區別，大化肥殺死了菌種。
    正確的施肥方法應采用放射性溝施，挖30厘米寬、25～35厘米深的溝，先施入大化肥，填一層10厘米左右的土，再施菌肥。這層隔離帶降低了大化肥水溶下滲后殺死菌種的機會。