一、增強植物的抗逆性。
    有一些生物肥料的菌種接種后，由于在作物根部大量生長繁殖，變成作物根際的優勢菌，它們可分泌抗真菌和細菌的抗生素，進而控制多種病菌的生長。VA菌根的菌絲就是由于在作物根部的大量生長，除去能夠吸收有益于作物生長的營養元素外，還能夠增加作物對水分的吸收，提高作物的抗旱能力。
    二、提高土壤肥力。
    這是有機菌肥的主要功效，比如各種自生、聯合或共生的固氮生物肥料，能夠固定空氣中的氮素，增加土壤中的含氮量；多種分解磷、鉀礦物的微生物，如硅酸鹽細菌能分解土壤中的鉀長石、云母及磷礦石，使其中難溶的磷、鉀有效化。
    三、制造和協助農作物吸收營養。
    有機菌肥如“5406”抗生菌肥施用后，由于微生物的活動，不但能增加土壤有效養分，還能產生多種激素類物質和各種維生素，進而促進作物的生長；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其一生需求量的百分之三十到百分之八十；VA菌根是一種土壤真菌，它能夠與多種植物根共生，其菌絲伸出根部很遠，能夠吸收更多的營養供各種植物利用，其中以對磷的吸收十分明顯。
    以上就是使用有機菌肥的好處，希望對大家會有一定的幫助。