一、有機菌肥對土壤條件要求較為嚴苛，施入到土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁衍的過程，通常15天后能夠發揮作用，見到效果，并且長時間均衡地供給作物營養。
    二、有機菌肥適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣能夠防止陽光中的紫外線將微生物殺死。
    三、有機菌肥不適合久放，拆包后要及時施用，一次用完，包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生質變，影響活性，影響其使用效果。
    四、有機菌肥應避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁衍會受到影響，不可充分發揮其作用。要結合蓋土澆水等措施，防止有機菌肥受陽光直射或因水分不足而無法發揮作用。
    五、有機菌肥不可長時間泡在水中，在水田里施用應干濕灌溉，促進生物菌活動。以好氣性微生物為主的產品，則盡可能不要用在水田。嚴重干旱的土壤會影響微生物的生長繁衍，微生物肥料適合的土壤含水量為百分之五十到百分之七十。
    六、有機菌肥能夠單獨施用，也能夠與其他肥料混合施用。但有機菌肥應防止與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也需要注意防止與過酸過堿的肥料混合使用。